肛瘘是肛管直肠周围的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。肛瘘内口常位于肛窦，多为一个；外口在肛周皮肤上，可为一个或多个，经久不愈或间歇性反复发作为其特点。
临床上根据肛瘘发生的位置，可分为肛管括约肌间型、经肛管括约肌型、肛管括约肌上型、肛管括约肌外型。
肛管括约肌间型：约占肛瘘的70%，多因肛管周围脓肿破溃或切开后形成。原发瘘管位于内外括约肌之间的括约肌间隙，内口在齿状线附近肛窦开口处，外口大多在肛缘附近，多为低位肛瘘。
经肛管括约肌型;约占25%，多因坐骨肛管间隙脓肿破溃或切开后形成，可为低位或高位肛瘘。瘘管穿过外括约肌、坐骨肛管间隙，开口于肛周皮肤上。
肛管括约肌上型∶为高位肛瘘，较为少见，约占4%，瘘管在括约肌间隙向上延伸，越过耻骨直肠肌，向下经坐骨肛管间隙穿透肛周皮肤。
肛管括约肌外型∶最少见，仅占0.5%。多为骨盆直肠间隙脓肿合并坐骨肛管间隙脓肿的结果。瘘管自肛周皮肤向上经坐骨直肠间隙和肛提肌，然后穿入骨盆直肠间隙，最终在直肠形成内口，也可同时伴有开口于肛管的内口。